Laboratorium merupakan salah satu unsur pendukung strategis bagi kegiatan akademik di perguruan tinggi. Laboratorium merupakan sarana bagi mahasiswa dan dosen  dalam melakukan kegiatan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat. Agar dukungan laboratorium terhadap kegiatan tridarma tersebut berlangsung efektif, maka laboratorium perguruan tinggi harus dikelola secara profesional dengan mengadopsi sistem manajemen mutu pengelolaan laboratorium  modern. Dengan cara ini seluruh sumber daya laboratorium (seperti laboran/teknisi, peralatan, bahan, metode) dikelola secara optimal sehingga mampu menghasilkan data yang valid dan terpercaya. Untuk mencapai hal tersebut, laboratorium perlu menerapkan standar sistem manajemen mutu laboratorium yang telah banyak digunakan di seluruh dunia yaitu SNI ISO/IEC 17025:2017 sebagai tahapan awal dari pengelolaannya.

Berkaitan dengan itu Fakultas Farmasi UGM secara bertahap melakukan pembenahan dalam penjaminan mutu laboratorium, dengan berafiliasi dengan Laboratorium Penelitian dan Pengujian Terpadu Universitas Gadjah Mada. Beberapa pengujian yang terlah terakreditasi oleh Komite Akreditasi Nasional (KAN) adalah sebagai berikut :

Laboratorium Advanced Pharmaceutical Sciences (APS) berafiliasi dengan LPPT UGM

Laboratorium Kimia Analisa (Afiliasi dengan LPPT UGM)

• Pengujian Vitamin B1
• Pengujian Vitamin B2
• Pengujian Vitamin B6
• Pengujian Vitamin B12
• Pengujian Vitamin C

Pengujian tersebut untuk sample padat maupun cair.

Laboratorium Farmakologi dan Toksikologi (Afiliasi dengan LPPT UGM)

• Pengujian Antidiabetes
• Pengujian Antikolesterol

Pengujian tersebut untuk obat-obatan, ekstrak tanaman, senyawa kimia.