Fakultas Farmasi Universitas Gadjah Mada didirikan oleh Kementrian Kesehatan RI pada tanggal 27 September 1946 dengan nama Perguruan Tinggi Ahli Obat (PTAO). (tanggal tersebut ditetapkan sebagai hari kelahiran Fakultas Farmasi UGM). Perguruan Tinggi ini bergabung dalam gabungan perguruan tinggi-perguruan tinggi yang terdiri dari Perguruan Tinggi Kedokteran, Perguruan Tinggi Kedokteran Gigi, Perguruan Tinggi Pertanian dan Perguruan Tinggi Kedokteran Hewan yang semuanya diketuai oleh Prof. Dr. M. Sardjito dan berkedudukan di Kompleks RSU Tegalyoso, Klaten. Pada waktu peristiwa pemberontakan PKI Moeso serta aksi militer oleh tentara Belanda ke-2 maka pada tanggal 19 Desember 1948 perguruan tinggi-perguruan tinggi tersebut terpaksa menghentikan kegiatan akademisnya. Para dosen dan mahasiswa banyak yang bergabung dengan tentara untuk ikut bergerilya atau bergabung dalam tim Palang Merah.

Setelah persetujuan Roem-Van Royen pada tanggal 7 Mei 1949 ada pemikiran bahwa sebaiknya Perguruan Tinggi dihidupkan kembali. Pada tanggal 20 Mei 1949 diadakan rapat Panitia Perguruan Tinggi di Pendopo Kepatihan. Prof. Dr. M. Sardjito sebagai Ketua Perguruan Tinggi di Klaten menyanggupi untuk menyusun Perguruan Tinggi yang direncanakan, beliau kemudian meminta tempat di Yogyakarta. Atas kemurahan hati Sri Sultan Hamengkubuwono IX , beberapa bangunan milik Kraton Yogyakarta antara lain Mangkubumen dapat dipakai sebagai tempat Perguruan Tinggi yang dibentuk.

Berkat bantuan yang sangat besar dari Wakil Presiden RI Drs. Moh. Hatta, Menteri Pendidikan, Pengajaran dan Kebudayaan Ki Mangun Sarkoro, Menteri Kesehatan Dr. Soerono dan Prof. Soetopo, Menteri Keuangan Lukman Hakim, Menteri Perhubungan dan Pekerjaan Umum Ir. Laoh dan Ir. Sitompul, Menteri Kemakmuran dan Pertanian I.J. Kamiso dan Sadjarwo SH dan Sekretaris Jendralnya Mr. Hadi, Ir. Putuhena dan Ir. Goenoeng, Perguruan Tinggi tersebut dibuka kembali tanggal 1 November 1949. Pada saat itu di Yogyakarta sudah ada Sekolah Tinggi Teknik dan Sekolah Hukum milik Yayasan balai Perguruan Tinggi Gadjah Mada, dan setiap Perguruan Tinggi masih dibawah Kementrian yang bersangkutan. Timbul gagasan untuk menggabungkan Perguruan-perguruan Tinggi dan Sekolah-sekolah Tinggi menjadi suatu Universitas dibawah Kementrian Pendidikan, Pengajaran dan Kebudayaan (PP&K). Gagasan tersebut terlaksana dengan dibukanya Universitas Negeri Gadjah Mada (UNGM) oleh Kementrian PP&K pada tanggal 19 Desember 1949 (sekarang ditetapkan sebagai hari ulang tahun Universitas Gadjah Mada Yogyakarta).

Sementara itu PT Kedokteran, PT Kedokteran Gigi dan PT Farmasi masih dibawah Kementrian Kesehatan. Melalui PP No.37 tahun 1950 tanggal 14 Agustus 1950 yang ditandatangani oleh Mr. Assat sebagai Presiden RI Sementara, Ki Mangun Sarkoro sebagai Menteri PP&K dan KRT. E. Pringgodigdo sebagai Menteri Kehakiman, Pemerintah RI menegaskan bahwa UNGM termasuk dalam lingkungan Kementrian PP&K. Istilah Perguruan Tinggi diubah menjadi Fakultit yaitu Fakultit Kedokteran, Kedokteran Gigi dan Farmasi. Pada tahun 1954 Pemerintah memutuskan untuk menyeragamkan istilah fakultit dan universitit menjadi Fakultas dan Universitas. Yayasan balai Perguruan Tinggi Gadjah Mada milik swasta tidak ada lagi sehingga perkataan Negeri pada UNGM dihapus menjadi UGM.

Tingkat Propaeduese (tingkat 1) perkuliahan di Fakultas Kedokteran, Kedokteran Gigi dan Farmasi (FKKGF) masih digabung menjadi satu, dengan dosen-dosen yang sama, akan tetapi pertanyaan ujiannya berbeda. Dalam perkembangan selanjutnya ketiga bidang tersebut dipisahkan menjadi fakultas. Diawali dengan Fakultas Farmasi pada tanggal 19 Desember 1955 berdasarkan SP Menteri PP&K No. 53759/-Kab, kemudian Fakultas Kedokteran Gigi pada tanggal 29 Desember 1960 berdasarkan SP Menteri PP&K No. 1090741/UU. Meskipun fakultas-fakultas telah berdiri sendiri akan tetapi perkuliahan tetap menjadi satu di Mangkubumen, sehingga pada waktu itu dikenal istilah MAMACONGA (Masyarakat Mahasiswa Complex Ngasem).

Pada waktu dipisahkan dari FKKGF, Fakultas Farmasi belum mempunyai tenaga pengajar tetap dan oleh karena itu pengurusnya dijabat oleh tenaga tidak tetap, sebagai Dekan pertama adalah Prof. Drs. R. Sardjono (dari Fakultas Kedokteran) dan sebagai Sekretaris Prof. Ir. Gembong Soetoto Tjitrosoepomo (dari Fakultas Pertanian). Baru mulai tahun 1963 Fakultas Farmasi mempunyai dosen tetap.

Pertama UGM berdiri fakultas-fakultasnya masih tersebar di Yogyakarta, kemudian oleh Sri Sultan Hamengkubuwono IX diberi tanah di Bulaksumur, Sekip dan Karangmalang untuk didirikan Perguruan Tinggi. Mulai saat itu sedikit demi sedikit fakultas-fakultas pindah ke lokasi baru. Sebagian dari Fakultas Farmasi pada tahun 1968 pindah ke Karangmalang bersama dengan Fakultas Kedokteran Gigi, Bagian Fisiologi dan Farmakologi Fakultas Kedokteran, dan sebagian Fakultas Ilmu Budaya. Pada tahun 1973 Fakultas Farmasi mulai menempati tempat barunya di Sekip Utara hingga sekarang. Walaupun demikian karena kesulitan staf pengajar yang Apoteker, maka tingkat doktoral (tingkat akhir program S1) dilaksanakan di Yogyakarta dan tingkat apoteker masih diselenggarakan di Semarang karena pada waktu itu di Semarang yang tersedia tenaga Apoteker sebagai staf pengajar. Baru tahun 1976 seluruh seluruh proses belajar-mengajar di Fakultas Farmasi bisa diselenggarakan di Yogyakarta dalam satu kampus di Sekip Utara Yogyakarta.