Pendidikan Profesi sangat dipengaruhi oleh pendidikan tingkat sarjana sebelumnya. Tahun 1946-1962: menganut sistem bebas. Mahasiswa bebas menentukan kapan dia akan mengikuti ujian. Tahun 1962-1974: digunakan sistem studi terpimpin yang dibagi dalam semester-semester. Fakultas menyelenggarakan perkuliahan sesuai dengan paket kurikulum yang telah dibuat. Kurikulum tahun 1978 di Fakultas Farmasi, pendidikan dibagi 3 tahap yaitu: Tahap Pendidikan Sarjana Muda 121 sks, Tahap Pendidikan Sarjana 47 sks, dan Tahap Pendidikan Apoteker 15 sks. Tahun 1980 dengan adanya SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan terjadi perubahan sistem pendidikan yaitu: Tahap Pendidikan Sarjana Muda 115 sks, Tahap Pendidikan Sarjana 33sks, dan Tahap Pendidikan Apoteker 12 sks. Dengan adanya SKB Dirjen Dikti dan Dirjen POM serta Lokakarya Pemantapan Kurikulum di Perguruan Tinggi seluruh Indonesia, Fakultas Farmasi mengubah lagi kurikulum yang berlaku yaitu Kurikulum Pendidikan Strata-1 dan Pendidikan Profesi yang terdiri atas Tahap Pendidikan Sarjana Muda 116sks, Sarjana 33sks dan Apoteker 21sks. Pada akhir tahun 1986 Tahap Pendidikan Sarjana Muda dihapuskan, sehingga mulai tahun 1987 berlaku yang disebut Kurikulum tahun 1986 yang terdiri atas Tahap pendidikan Sarjana 149sks dan Tahap Pendidikan Apoteker 21sks, mulai tahun 1991 diadakan penyempurnaan kurikulum terdiri atas tahap pendidikan Sarjana 153 sks dan Tahap Pendidikan Apoteker 23 sks. Pada tahun 1995 kurikulum Program Pendidikan Sarjana berubah menjadi 144 sks dan Program Pendidikan Apoteker 30 sks.
Di UGM kurikulum harus direvisi paling lambat setiap 5 tahun maka pada tahun 2001 diadakan revisi kurikulum S1 adalah 144 sks, sedangkan program profesi minimal 36 sks (sesuai dengan kurikulum Asosiasi Pendidikan Tinggi Farmasi/APTFI minimal 28sks). Pada tahun 2006 Program Apoteker juga dibagi menjadi 2 minat yaitu: Minat Industri dan Minat Rumah Sakit.
Informasi Program Pendidikan Profesi Apoteker bisa diakses secara detail melalui http://apoteker.farmasi.ugm.ac.id